徐邦達特別擅長明清書畫作品的鑒定，正如他自己所認為的一樣：“對明清名家作品之真?zhèn)伪鎰e較有把握，因為年代近，且存世作品多，容易掌握，而在此之前的名家作品識辨難度較大……”（參見朱明堯《鑒定大家徐邦達》，《榮寶齋》，2003年7月）對明清書畫的鑒定是徐邦達的強項，明清書畫留下來的材料和信息相對比較全面，這對徐邦達技術全面的鑒定特點來說是最符合的，也是他最得心應手的。如《明清三家繪畫鑒考》，就對王時敏、王鑒、惲壽平三人的生平、各個時期的繪畫風格、著錄中對他們的評價一一說明，并列舉考辨三家的諸多作品，包括印章、題跋、筆法、著錄等情況，所收作品之詳細，考證之全面令人嘆為觀止。

注重著錄對書畫鑒定的作用是徐邦達鑒定書畫的第二個顯著特點。主要表現(xiàn)在：

第一，充分利用歷代著錄書中的記載作為鑒定書畫的依據(jù)。歷代著錄對鑒定書畫的作用有兩個方面，一是可以利用前人著錄中對書畫作者的藝術面貌和水平高下的評論作為確立的樣板，比較是否與所見書畫相符合，從而為真?zhèn)闻袛嗵峁┮罁?jù)。二是從著錄中可以查到歷代鑒賞家對作品有無詳細記錄情況，為鑒定提供流傳有序的佐證。徐邦達在鑒定古書畫時，總是會引出作品在歷代著錄中的記載，然后將著錄中記載的評述與作品相比對，加以細致的考辨，再提出可信之處與可疑之處并闡述自己的觀點。如《古書畫偽訛考辨》，引用大量著錄，并將其進行排比、甄別、演繹，顯示了他對歷代著錄的博覽程度和駕馭能力?！赌纤蔚酆箢}畫書考辨》，以著錄為核心，把有南宋皇帝皇后題字的繪畫作品分別排出，一一詳細注明它們所在的著錄，并作考證，列舉的著錄之詳細，考證之精到，充分說明他對歷代著錄的掌握了然于心，著錄雖然只作為書畫鑒定的輔助依據(jù)，但徐邦達已將它運用到了極致。當然，徐邦達雖然在鑒定書畫的實際操作中把著錄放在較為重要的位置，但在理論上也有非常理性的闡述：“對待著錄也要和對待題跋、鑒藏印記一樣，不可不信，也不可全信……著錄中所載，不但傳記未必都確實，即所錄作品中更多有偽跡，不能盡信也不可輕信。古語云：‘盡信書不如無書’，書并非全不可信，不過我們必須慎加識別與抉擇，以免上當?！保ㄒ娦彀钸_《古書畫鑒定概論》，紫禁城出版社，2005年10月）這就是徐邦達考慮問題的全面和謹慎之處。

第二，表現(xiàn)在他本人親身編著的諸多關于書畫著錄的成果上?！豆艜嬭b定概論》中附《明清書畫著錄書編年表》全面收集記錄了明清的書畫著錄書、作者、編寫年代情況；《重訂清故宮舊藏書畫錄》，把自己過目的故宮書畫按朝代編輯成冊，注明作者、品名、質地、藏處，特別詳細標明每件作品的著錄情況，并加以簡單的評語，包括是非真?zhèn)蔚葌€人的見解。這些都是運用著錄鑒定書畫的寶貴資料?！豆艜嬤^眼要錄》記錄了故宮博物院院藏的部分作品，這只是徐邦達所做的初步工作，他的目標是對全國各省市博物館、文管會、文物商店等單位所藏的古書畫，作一次全面考察，編一部內(nèi)容豐富、資料翔實的古書畫著錄書。目前出版的《古書畫過眼要錄》共分五冊，法書三冊，繪畫二冊，收錄在《徐邦達論古書畫匯集》的第二輯中。這部著錄書的規(guī)模與質量相對歷代任何一部私家著錄而言都有過之而無不及。除了編寫書畫著錄，徐邦達還對古代著錄進行考辨和對比研究?！秲煞N有關書畫書錄考辨》對米芾《山林集拾遺》與《寶晉英光集》的年代、卷數(shù)、篇目、編次、序跋等作對比考證，證明《寶晉英光集》乃從《山林集拾遺》剽竊而來的結論。另考證了《宋中興館閣儲藏圖畫記》為《南宋館閣續(xù)錄》中儲藏欄的內(nèi)容，并非專為一書等等，以為后人運用著錄時提供借鑒。這些兼有資料性和學術性的著作，為研究書畫鑒定提供了這個時代的寶貴資料，顯示了徐邦達在書畫著錄研究方面的特長，是同時代的任何其他鑒定家所不及的。